Das Bubiker Wappen entspricht dem traditionsreichen Wappen des Johanniterkomturei. Das weisse Balkenkreuz auf rotem Grund trugen die Johanniterritter auf ihren Waffenröcken in den Kreuzzügen. Dieses Zeichen steht für den Kampf gegen den Unglauben.
Das weisse Schwalbenschwanzkreuz auf schwarzem Grund zierte die schwarze Kutte der Ritter im Dienste der Kranken. Es steht für die Barmherzigkeit, für den Kampf gegen Krankheit und Not der Mitmenschen.
Die beiden schwarzen B auf goldenem Grund erinnern an die ersten Siedler, an den Alemannen Bubo und dessen Sippe, die Buobinge.
