Erste Hinweise auf menschliche Siedlungen geben Ortsnamen. So lassen Tafleten (tabulatum), Zell (cella) oder Kammern (camera) vermuten, dass hier Römer auf ihrer Rätischen Strasse einherzogen. Um 600 n. Chr. besetzten Alemannen unsere Gegend. Namen wie Bubikon (Höfe der Bubinge), Wolfhausen (Husa des Wolfgrim), Widenswil (Weiler des Witin), Rutschberg (Berg des Ruotsch, Rudolf) stammen aus dieser Zeit. Erste schriftliche Zeugen: 774 schenkte Frau Beata den Hof Perolvinchova (Berlikon) dem Kloster St. Gallen. 811 tat Wolfgrim mit seinem Hof Puapinchova (Bubikon) ebenso. Im Jahre 1192 vermachte Diethelm von Toggenburg seine Güter zu Bubikon dem Johanniterorden und stiftete mitten in der Pfarrei Dürnten eine Kirche für seine Eigenleute. Weil Wolfhausen nicht dazu gehörte, blieben die Wolfhauser bis 1811 zu Dürnten kirchgenössig.
1525, in der Reformationszeit, stürmten Bauern das Ritterhauskloster. Darauf wurde dieses säkularisiert und vom zürcherischen Statthalter verwaltet. Der letzte Prior, Johannes Stumpf, wurde erster reformierter Pfarrer von Bubikon. Das Ritterhaus blieb aber Eigentum des Johanniterordens, bis es dieser einem reichen Zürcher Bürger verkaufte. 1798 besetzten die Franzosen Bubikon und wischten die alte Ordnung weg. Damals bestanden die Dörfchen Bubikon und Wolfhausen nur aus wenigen Häusern. Weit verstreut bewirtschafteten Kleinbauern ihre Höfe. Die Einwohnerzahl stieg langsam an, als mit der Baumwoll- und Seidenweberei etwas Heimindustrie aufkam.
Im Jahre 1819 wurden die ersten Textilfabriken gebaut, worauf die Einwohnerzahlen rascher zunahmen. Diese Entwicklung steigerte sich, als 1858 erst die Glatttal- und dann 1901 noch die Uerikon-Bauma-Bahn gebaut wurden. 1948 wurde letztere durch Busse der Verkehrsbetriebe Zürcher Oberland, heute Verkehrsbetriebe Zürichsee und Oberland, ersetzt. 1940 betrug die Einwohnerzahl rund 2000 Personen. Zu einer rasanteren Entwicklung führten ab 1960 neue Autostrassen, die S-Bahn des Zürcher Verkehrsverbundes mit den beiden Linien S5 und S15 sowie eine grosszügige Planung attraktiver Wohnlagen. Das Bauland wurde dadurch rar und deshalb auch relativ teuer. Diesem Ansturm vermochte die alte Verwaltung der Gemeinde nicht mehr zu genügen: Bis 1945 wurden die Gemeindeämter nebenamtlich in Privatstuben betreut. Es drängte sich eine zentrale Gemeindeverwaltung mit vollamtlichen Funktionären auf. Während 48 Jahren war diese im ehemaligen Pfarrhaus an der Dorfstrasse zu Hause, bis 1992 das neue, geräumige Gemeindehaus an der Rutschbergstrasse 18 bezugsbereit war.
Ab den Siebzigerjahren fand in der Bubiker Industrie eine markante Umwälzung statt. Alteingesessene, traditionsreiche Fabriken schlossen ihre Tore. In ihnen und in den grosszügigen Industriezonen entstanden moderne Gewerbe- und Industriebetriebe, welche heute in verschiedensten Branchen über 3000 Arbeitsplätze für die Bevölkerung der Region anbieten.